L'histoire se centre sur Arata Miyako, un nouveau fonctionnaire affecté au département des "Relations régionales de nuit" (Nighttime Regional Relations), qui se situe dans les bureaux de la ville de Shinjuku. 

 

Chacun des 23 quartiers de Tokyo possède un tel département, qui a été établi pour résoudre les événements paranormaux et occultes. 

 

Arata, est une personne assez spéciale capable de comprendre un langage non-humain que personne d'autre ne comprend.

 

Un jour, il fait la rencontre d'un yōkai au parc Shinjuku Gyoen qui l'appelle Abe no Seimei, le nom d'un occultiste et devin japonais de l'époque de Heian.