Deux ans après l'attaque du CCG sur les goules du 20e, l'ambiance de Tokyo a complètement changé à cause de l'augmentation de l'influence du CCG. Cependant, les Ghoul posent toujours un problème car elles deviennent de plus en plus prudentes, en particulier l'organisation terroriste Aogiri qui reconnaît la menace croissante du CCG.

La création de l'équipe spéciale Quinx, devrait permettre au CCG d'exterminer les Ghoul de Tokyo. Le leader de cette équipe, Haise Sasaki, est une personne mi-humaine mi-Ghoul qui a été entraînée par Kishou Arima.