Le Japon est entré dans une nouvelle ère. Fondé par Korenosuke Hiden, l’entreprise Hiden Intelligence, une société leader dans le domaine de l’intelligence artificielle a créé les HumaGear, des robots capables de réfléchir et d’assister les humains dans toutes leurs tâches du quotidien. Tout allait bien jusqu’au jour où Jin et Horobi, deux membres de l’organisation terroriste connue sous le nom de “MetsubouJinrai.NET” ont piraté plusieurs de ces HumaGears et les ont transformés en Magearka pour éliminer l’humanité. Pour répondre à la menace, le gouvernement a créé l’A.I.M.S.(Artificial Intelligence Military Service) pour détruire ces HumaGears sabotés.

Pendant ce temps, un lycéen qui voulait devenir un comédien malgré son terrible sens de l’humour, Aruto Hiden, a soudainement été nommé président de Hiden Intelligence après le décès de son grand-père. Bien qu’initialement désintéressé à cause de sa vie scolaire, Aruto change d’avis après avoir été témoin des attaques terroristes de MetsubouJinrai.NET et devient Kamen Rider Zero-One pour soutenir l’A.I.M.S. tout en gardant les apparences en tant que PDG. Aruto se retrouve donc au cœur d’une bataille pour protéger les travaux de son entreprise d’une utilisation malveillante par les hackers mais aussi des services gouvernementaux qui considèrent les intelligences artificielles comme des menaces.

À partir de là, une guerre explosive a débuté entre Aruto, MetsubouJinrai.NET et A.I.M.S.