2020. Alors qu'il se prépare pour aller en camp estival, Taichi Yagami apprend que sa mère et sa jeune soeur, Hikari, sont piégées à bord d'un train qui ne semble pas vouloir s'arrêter. Afin de comprendre ce qui se passe, Taichi se rend à Shibuya mais, en chemin, il est happé par un étrange phénomène qui les projette, lui et d'autres enfants, dans un monde qui leur est totalement inconnu : le Digital World.